Шановний пане Ярославе!

По-перше, мені не зовсім зрозумілий Ваш правовий статус на вказаному підприємстві. Ви говорите, що оформлені приватним підприємцем на підприємстві, але насправді приватний підприємець це незалежний суб’єкт підприємницької діяльності. Можливо Ви все-таки оформлені звичайним найманим працівником?
По-друге, відповідальність за недостачу може бути покладена лише на матеріально-відповідальну особу, тобто на людину, яка безпосередньо у своїй діяльності здійснює певні дії з товаром або грошовими коштами і з нею обов’язково підписується договір про матеріальну відповідальність.
По-третє, ви говорите, що з Вами не укладена трудова угода, але виникає питання на підставі чого Ви працюєте на вказаному підприємстві: можливо є наказ про Ваше призначення, або можливо власник допустив Вас до роботи в усній формі?

Таким чином, нести відповідальність за недостачу коштів Ви будете лише в тому випадку, якщо за Вашою посадою Ви є матеріально-відповідальною особою, з Вами в установленому порядку укладено договір про матвідповідальність та Ви дійсно маєте відношення до недостачі.
Що стосується невиплати заробітної плати, то в Кримінальному кодексу України міститься стаття за не виплату заробітної плати. А тому якщо власник підприємства не виплачує заробітної плати, відносно нього може бути порушена кримінальна справа за Вашою заявою. Якщо Ви офіційно не працевлаштовані, тобто немає наказу про Ваше зарахування на посаду, то в даному випадку буде значно складніше довести, що власник підприємства зобов’язаний виплачувати Вам зарплату.
Взагалі, у Вашому запитанні зібрані декілька різних питань, тому раджу Вам краще з усіма наявними документами звернутися особисто до юриста, який з огляду на документи прийме рішення щодо подальших дій.